از زمان مظفریان که نقش دین در حکومت بر یزد – کرمان – شیراز – اصفهان و... پررنگ تر شد نه تنها گاه قدرت طلبان ، چون صفویان که در این راه حتی خود را سید معرفی کردند ! ، در رقابت بایکدیگر از دین مدد می جستند بلکه گاه در رقابت نفوذ و زعامت با علمای دین قرار می گرفتند و بالاتر از این ، استکباریون یا افرادی روحانینما بودند که ، با ساختن و گسترش فرقه های مذهبی ، قصد به حکومت کردن داشتند و فتنه های آقا خان محلاتی و سید محمد علی باب از اینجا ناشی می شد ؛ که از جمله در یزد و نواحی اطراف آن آخوند ملٌا اسماعیل عقدائی یزدی عملا" به مقابله با آنان برخاسته است و منجی شیعه دوازده امامی گشته است . والٌا :

بدون آخوند ملٌا اسماعیل  بسیاری از مردم این ناحیه اسماعیلی ، شیخی یا بابی و بهائی شده بوده اند .

پس از نادر شاه افشار مجددا" هرج و مرجی در ایران به وجود آمد که قدرت طلبان – روحانیان و مردم سه ضلع آن را تشکیل می دادند . روحانیان با کمال و زبان خود مردم را جذب می کردند ؛ امٌا قدرت طلبان به زور شمشیر بر مردم حکومت می کردند و در راه این حکومت همیشه روحانیان را رقیب خود پنداشته از آنان واهمه مینمودند ...

... تا اسماعیلیه ، که حتی رقیب حکومتی صفویان و حکومتهای قبلی آنها نیز بودند ، ظهور کردند که که پس از نادر و در زمان زندیان فرصت را مناسب حکومت برتهران و قم تا کاشان و اصفهان و یزد و کرمان یافتند...

نوشته اند :

« رهبری فرقه ی اسماعیلیه در زمان حکومت زندیه با سید ابو الحسن خان دهقی قمی بود که حکومت کرمان را داشت . وی به دلیل یاری به لشگر لطفعلیخان زند در حمله آقا محمد خان قاجار به کرمان از سوی خان قاجار عزل شد . امٌا از سوی فتحعلیشاه حکمرانی به محلات رفت و در آنجا ساکن شد و پس از فوت او ، فرزندش شاه خلیل الله ( میرزا شاه خلیل الله ) به مقام امامت و پیشوائی فرقه اسماعیلیه رسید » . ( شمیم . تاریخ قاجار . 136، و... ) .

اسماعیلیان که مدعی حکومت بودند و بر کرمان و برخی از زرتشتیانش از یک طرف و محلات قم از طرف دیگر سلطه هائی داشتند ، احتمالا" به منظور سلطه بر کلٌ این ناحیه ، به یزد که در آن زمان یکی از دو شهر بزرگ ایران ، و دارای جمعیتی زرتشتی بوده است ، و فترتی چند ده ساله از زمان کریمخان تا زمان آقا محمد خان نزد روحانیانش ، داشته است مهاجرت کرده اند تا آن شهر را پایگاه تبلیغات مذهبی ، و به تدریج تبلیغات حکومتی خود ، قرار دهند . غافل از آنکه گفته اند :

هر بیشه گمان مبر که خالی است ...

تاریخ نوشته است که ( پس از حضور آخوند ملٌا اسماعیل به عنوان اعلم شیعیان دوازده امامی در یزد و بنای مکتب اصولی در آنجا ) :

« شاه خلیل الله پس از مدتی اقامت در محلات به یزد رفت و چون رهبر فرقه و به قول مردم آن روز دارای دم و دستگاه مفصل بوده مورد حقد و کینه ی بعضی از روحانیون قرار گرفت ...» ( شمیم . همان ) .

منظور از بعضی ( یکی از ) مشخصا" میرزا محمد جعفر صدر الممالک است ؛ که وی اعلم یزد نبوده و بنام روحانیت و شراکت با حکومت قاجار ، وی نیز دم و دستگاهی داشته است ؛ حال آنکه آخوند ملٌا اسماعیل با آنهمه ابهٌت و ساختِ چنان محلٌه و مسجدی ، ثروتمند یا غیر از آن ، عارف مسلک بوده است ؛ و امٌا به عنوان رهبر واقعی ( مجتهد ) مردم شیعه دوازده امامی یزد که در آن زمان به همٌت وی دارای حوزه ای علمیه در یزد شده است از هیچگونه دفاعی دریغ نمی داشته است .

میتوان حدس زد که برخی از مدافعان شیعه دوازده امامی مکتب اصولی یزد در فتنه  1232 زهجری قمری در یزد از شاگردان یا طرفداران وی بوده اند ؛ گرچه در آن فتنه هیچ نقشی از وی گزارش نشده و این نیز مقام و موقعیت واقعی روحانیت وی را می رساند.

( ادامه دارد انشاء الله )